一、pcr退火温度怎么确定?
计算退火温度的方法:
1. 退火温度=4×(G+C)+2×(A+T)-(5~8) 只是粗算,有时不灵,但比较简便。
2.用primer5(or oligo6)计算,引物配对好后,primer5可以显示Tm,我认为这个值就是退火温度,我的经验再加2 or 3度最好。
3.合成引物的单子上也有个Tm,减去5~8也可,但有些公司提供的Tm就是方法1计算的。我认为方法二最准确,不知道还有其他方法吗?
二、PCR的退火温度怎么设定?
PCR中退火的那步是引物与模板结合,一般来说,退火温度比Tm值要低上5度左右。另外,也可以根据你设计引物的软件比如primer5.0或Olige 6 推荐的温度。但这些都不是绝对的。
你要是在他的推荐温度下没有目的条带,你可以试试做一个温度梯度,摸索一下退火温度。
三、pcr退火温度如何确定?
退火温度=4×(G+C)+2×(A+T)-(5~8) 只是粗算,有时不灵,但比较简便。
用primer5(or oligo6)计算,引物配对好后,primer5可以显示Tm,我认为这个值就是退火温度,我的经验再加2 or 3度最好。
四、PCR扩增退火温度确定?
计算退火温度的方法:
1. 退火温度=4×(G+C)+2×(A+T)-(5~8) 只是粗算,有时不灵,但比较简便。
2.用primer5(or oligo6)计算,引物配对好后,primer5可以显示Tm,我认为这个值就是退火温度,我的经验再加2 or 3度最好。
3.合成引物的单子上也有个Tm,减去5~8也可,但有些公司提供的Tm就是方法1计算的。
五、荧光定量pcr怎么设置退火温度?
最好也最快的方法是做个梯度PCR,马上能选出最优退火温度
六、pcr退火温度太高有什么缺点?
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一,一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响:
以文献作参考,在一定的温度范围内,退火温度越高,扩增的特异性也就越高。
退火温度越低,扩增产物的特异性也就降低。
如果退火温度过高,引物与模板结合差,电泳条带差,甚至没有扩增。如果温度过低,扩增特异性差,杂带较多,背景深。
七、如何设定梯度PCR的退火温度?
回答如下:设定梯度PCR的退火温度需要考虑以下几个因素:
1.引物的Tm值:引物的Tm值是引物特异性的反映,它是引物在PCR反应中结合到模板DNA上的温度。在设定梯度PCR的退火温度时,需要根据引物的Tm值来确定。
2.模板DNA的GC含量:模板DNA的GC含量也会影响PCR反应的退火温度。GC含量高的DNA需要更高的温度来使引物与DNA结合,因此需要设定较高的退火温度。
3.特定目的:设定梯度PCR的退火温度也要考虑到特定的PCR目的。例如,如果需要扩增特定长度的DNA片段,需要根据引物的长度和目标DNA的大小来确定退火温度。
一般来说,可以先进行一次试验,设定一个范围内的温度梯度,然后根据PCR扩增的效果和产物的质量来调整退火温度,直到得到理想的PCR产物。
八、pcr退火温度为什么55度?
pcr选择50℃作为退火温度的参考温度是因为一般引物tm值大概位于48~55℃,但是这仅仅是参考值,退火温度一般为引物最低tm值减2,或平均tm值减4,而且要获得最好结果一般需要进行优化。
九、pcr仪器各个温度的含义?
PCR仪的三种控温模式
在进行PCR仪中控温模式设定时,一般有三个选项:Block、Tube及Probe。下面就这三种模式种简单的介绍:
PCR仪的温度传感器一般是在模块下面的,也就是说仪器实际能够控制的是模块的温度,Block模式指的就是仪器以控制Block的温度为目的,也就是说你输入95度5分钟,则模块的温度达到95度后开始计时,5分钟后完成。这是zui基本的控温模式。
但是,实际上我们输入95度5分钟是希望PCR管内的温度达到95后开始计时5分钟。PCR仪器开发人员可以先将模块温度控制到97度(比如而已,如果不超过95度,管内温度可以很长时间才能达到95度或根本达不到),过几秒钟后,等到管内温度达到95度,再将模块温度降到95度。这样做既达到了管内温度到95度,且速度较快。但过冲的温度量与时间及PCR管的导热系数、PCR反应液的体积都有关系。这就是各个PCR仪厂家的核心技术了。这种控温方式就称为Tube模式。
如果直接将一个温度传感器加入PCR管中,直接测量PCR管内的温度不是也可以吗?这就是Probe模式,也就是在一个不进行PCR反应的管内放入一个温度探头,仪器根据温度探头测到的温度来控制PCR管内的温度。但传感器的数据检测、分析及反馈是需要时间的,这种控制模式不一定比Tube模式好,而且如果反应体积发生变化时,就比较麻烦了。
因此,如今的PCR仪就都是Block和Tube两种模式了。如果是正常的PCR反应,一般选Tube模式。如果是长时间保温且对温度过冲要求很高,则可以考虑用Block模式。
十、pcr批不出来退火温度怎么调?
pcr没有产物,有时候可以进行条件优化获得成功。
pcr没有产物主要有五方面原因:引物专一性不好,模板浓度偏低,退火温度偏高,聚合酶活性低,延伸时间不够等等。现在一般都采用试剂盒和推荐的优化持续,质量基本有保证,因此,常见的主要原因绝大多数与引物和模板有关。
在模板,试剂盒没有问题前提下,一般都是进行引物和退火温度优化。一般降低退火温度为tm-3~5℃,但最好不要低于50℃。最好在此范围内做一个梯度pcr,基本就能找到最佳pcr条件。如果还不能获得产物,建议重新设计引物。