一、pcr仪器各个温度的含义？
PCR仪的三种控温模式
在进行PCR仪中控温模式设定时，一般有三个选项：Block、Tube及Probe。下面就这三种模式种简单的介绍：
PCR仪的温度传感器一般是在模块下面的，也就是说仪器实际能够控制的是模块的温度，Block模式指的就是仪器以控制Block的温度为目的，也就是说你输入95度5分钟，则模块的温度达到95度后开始计时，5分钟后完成。这是zui基本的控温模式。
但是，实际上我们输入95度5分钟是希望PCR管内的温度达到95后开始计时5分钟。PCR仪器开发人员可以先将模块温度控制到97度（比如而已，如果不超过95度，管内温度可以很长时间才能达到95度或根本达不到），过几秒钟后，等到管内温度达到95度，再将模块温度降到95度。这样做既达到了管内温度到95度，且速度较快。但过冲的温度量与时间及PCR管的导热系数、PCR反应液的体积都有关系。这就是各个PCR仪厂家的核心技术了。这种控温方式就称为Tube模式。
如果直接将一个温度传感器加入PCR管中，直接测量PCR管内的温度不是也可以吗？这就是Probe模式，也就是在一个不进行PCR反应的管内放入一个温度探头，仪器根据温度探头测到的温度来控制PCR管内的温度。但传感器的数据检测、分析及反馈是需要时间的，这种控制模式不一定比Tube模式好，而且如果反应体积发生变化时，就比较麻烦了。
因此，如今的PCR仪就都是Block和Tube两种模式了。如果是正常的PCR反应，一般选Tube模式。如果是长时间保温且对温度过冲要求很高，则可以考虑用Block模式。
二、pcr延伸温度如何计算？
引物延伸一般在72℃进行（Taq酶最适温度）。但在扩增长度较短且退火温度较高时，本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定，一般推荐在1000bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。
PCR的过程：
1、DNA变性：（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下，氢键断裂，形成单链DNA
2、退火：（60℃-65℃）：系统温度降低，引物与DNA模板结合，形成局部双链。
3、延伸：（70℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右，活性最佳）的作用下，以dNTP为原料，从引物的3′端开始以从5′→3′端的方向延伸，合成与模板互补的DNA链。
三、pcr温度周期性变化的目的？
pcr技术有三次温度变化处理，其作用分别是：
1. 94～98℃处理，促进模板DNA变性，由双链DNA变成单链DNA；
2. 52～65℃处理，降温退火处理，促进变性的DNA与引物通过碱基互补配对，形成引物与模板结合的复合物，为聚合酶扩增奠定基础；
3. 65～72℃处理，延伸阶段，DNA聚合酶以引物为合成起始，通过与模板碱基配对，合成DNA。
dna复制需要预变性，退火和延伸几个过程，每个过程都对应着一个温度，所以pcr温度需要周期性的变化，每一个周期就是一个循环。
四、pcr仪器卡住了怎么办？
你可以尝试重启仪器，如果重启失败可以联系工程师
五、pcr退火温度怎么确定？
计算退火温度的方法：
1. 退火温度＝4×（G＋C）＋2×（A＋T）－（5～8） 只是粗算，有时不灵，但比较简便。
2.用primer5（or oligo6）计算，引物配对好后，primer5可以显示Tm，我认为这个值就是退火温度，我的经验再加2 or 3度最好。
3.合成引物的单子上也有个Tm，减去5～8也可，但有些公司提供的Tm就是方法1计算的。我认为方法二最准确，不知道还有其他方法吗？
六、pcr仪怎么打开仪器就热盖？
那是因为程序已经设定为开机热盖，不需要热盖的需要重新设定程序。
七、pcr仪器热盖是怎么加热的？
PCR仪的热盖大致可以分为以下四种：非可调式热盖、可调节式热盖、自适应式热盖和自动式热盖
1、非可调式热盖：即热盖并不能同时适用于高管和矮管，如AB的2720等只能用高管，用矮管得手工加铝块；
2、可调节式热盖：即热盖的高度可以手工调节，同时适用于各种高管和矮管，但压力需要自己感觉，用力过小或过大都可能会有麻烦，如MJ公司的PTC200。因为有这个问题，后来又出了力矩式可调热盖，即热盖旋转到一定力矩后内置机构打滑，从而保证一定的热盖压力。如东胜龙的黑金刚以及Biometra等。这类热盖打开前最好旋松热盖，否则下一个用户如果直接下压热盖，可能造成部分PCR管变型。但很多用户会忘记松热盖。
3、自适应式热盖：即热盖自带预压紧的弹簧，通过与打开和关闭热盖的手柄机构相结合，达到压手柄时自动压紧热盖，开手柄时自动松开热盖，自适应高管和矮管，不用担心压力和没有松开热盖等问题。如东胜龙二代的ETC811型PCR仪。
4、自动式热盖：即热盖是由电机来控制的压紧与松开的。一般用于与实验室自动化相配合的PCR仪，或称为全自动PCR仪，如原MJ公司以及Biometra公司都此类PCR仪，但价格都较高。
八、pcr反应体系怎么计算？
一般pcr体系中必备的几项是 引物 模板（DNA）mix(包含酶以及离子等) 和水。
首先是确定的总体积，可以选择10ul, 20ul, 50ul等。
其次是根据mix，算出总体积中mix使用的体积。
根据自己提取或者逆转录得到的DNA浓度，以及一次pcr反应所使用模板的量，计算出DNA的体积。
根据引物浓度以及引物使用的终浓度，计算出引物使用的量。
最后用总体积减去上面几部分的体积，得到的就是水的体积。
九、pcr产物大小怎么计算？
如果你的模板序列已知的话，直接将引物序列和模板进行匹配，两条引物之间的DNA片段长度即为目的PCR产物的大小；
如果你是想知道PCR仪反应后的产物大小，可以跑琼脂糖凝聚电泳，照胶仪下根据Marker的指示条带读取产物的大小，或者可以用照胶仪自带的软件直接读出所有pcr产物条带的大小 去Pubmed的primer-blast中blast一下，把你合成的引物序列输进去就可以查到了
十、PCR的退火温度怎么设定？
PCR中退火的那步是引物与模板结合，一般来说，退火温度比Tm值要低上5度左右。另外，也可以根据你设计引物的软件比如primer5.0或Olige 6 推荐的温度。但这些都不是绝对的。
你要是在他的推荐温度下没有目的条带，你可以试试做一个温度梯度，摸索一下退火温度。