第一步：拌匀发酵剂
发酵剂与米糠或麸皮搅拌均匀
鲜鸡、鸭粪约3～5吨加适量有机肥发酵剂，每公斤的发酵剂平均加20～30公斤米糠或玉米、麸皮，搅拌均匀后撒入已准备好的物料之中（指步骤二调好干湿度的鸭粪），效果最佳。
第二步：调节水分
发酵物料的水分调节
发酵有机肥料的过程中，水分含量是否适宜非常重要的，不能太高，也不能太低，应保持在60～65%，判断方法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地能散开为宜（水分太高可加干料秸秆粉、麦麸、统糠等中和一下水分）。
第三步：建堆
有机肥发酵槽
在做发酵堆时不能做的太小太矮，太小会影响发酵，高度一般在1.5米左右，宽度2米左右，长度在2～4米以上的堆发酵效果较好。最上面一层用半湿的秸秆覆盖（特别是冬天堆肥时可起到保温作用），如果遇上下雨天，可以简单地用塑料薄膜覆盖一下，但不需要密封（注：秸秆腐熟是好氧发酵，不可密封，并要求尽量疏松堆放），除冬天外的晴天可及时掀开塑料薄膜一次/天，以利于通气好氧发酵，为了避雨，有条件的也可以再在料上方设置遮雨的雨棚，防止雨水淋湿。在建堆时，物料里宜加入秸秆粉、蘑菇渣、花生壳粉、或稻壳、锯末等有机物料以便调节通气性。其中如果加入的是稻壳、锯末，因其纤维素木质素较高，应延长发酵时间。
第四步：拌匀通气
有机肥发酵曝气
这是堆肥发酵，一定要好氧发酵才行，所以在发酵过程中应加大供氧措施，打堆不宜压紧，保持自然疏松，打堆后可以用棍子在粪堆上戳几个洞，做到拌匀、勤翻、通气为宜，否则会因为厌氧发酵影响物料发酵效果。
第五步：发酵完成
有机肥发酵完成
一般在鸡、鸭粪堆积72小时后，温度会升至50～60℃，第四天可达65℃以上，在此高温下建议可开始松料处理，可以翻倒一次，或者用木棒、长耙插入料中松动几下。一般情况下，在发酵过程中会出现2～3次65℃以上的高温，翻倒2～3次即可完成发酵，使物料彻底脱臭、发酵腐熟，灭菌杀虫。成功的标志是：物料已经完全没有了粪便的臭味，相反有种淡淡的生物发酵后的芳香味。
发酵时间的长短，取决于所用原料的污染程度，以及所加入的秸秆是否作为铡短处理，或者说，如果粪料比较恶臭，则相应地发酵时间比较长，可能需要20天以上，如果相对比较新鲜的粪料，则发酵15天左右就可成功，期间每3天松料一次，只需要松料或翻动两次即可。